基因分型分析成功率受DNA质量的影响

发布日期:2017-10-27

应用生物系统公司(ABI),提供的TaqMan检测使用内部定制探针,这项基于PCR的方法使用基于序列检测系统的激光扫描技术。该试验系统的机制是,使用几种不同的荧光基团和猝灭基团,激发存在于专门设计的TaqMan探针中的荧光染料中。系统包括一个内置的热循环仪(诱导荧光的激光)、CCD(电荷耦合器件)检测器,实时序列检测软件和用于产生荧光的'核酸酶试剂。当“猝灭基团”在PCR延伸阶段从片段中被去除,特别设计的探针(报告染料)就会发出荧光,从而实现每个循环周期性实时量化PCR产物的增量。

这种方法,普适于已知的单核苷酸多态性的中通量检测,但不适用于检测目标DNA片段的未知变异。对于验证GWAS中优先筛选出的SNPs,这种方法非常有效和可靠。SNPIex是一个由ABI开发和提供的基于毛细管电,简单说,用于SNPlex分析的SNP panel设计是ABI提供的有偿服务,对于客户定制的panel,设计率是至关重要的,很大程度上取决于SNP周边的序列。


出国看病找爱诺美康,一般来说,经过分析验证过的SNPs,设计率常常大于90%。然而,基因分型分析成功率受DNA质量的影响。基因分型常常由于以下原因失败:①SNP存在于基因组中出现多次的重复序列中;②一个SNP附近可能存在第二个SNP;③SNP上下游可能包含一个或多个低复杂性序列。对于客户提供的包含dbSNP验证的SNP panel,设计率通常在80%~85%。

最常见的设计失败原因是,基因组多处匹配和核苷酸组成与试验设计规则冲突,另一个影响设计率的负面因素是提交的SNP数量少。因此,尽管设计上更经济,SNPlex并不总是符合研究者的需要,因为某些选定的SNP可能无法包括在panel里,而且即使包含panel中,也不是所有的SNP都能进行基因分型,通常需要由其他基因分型方法完成,包括TaqMan分析。这是一个灵活的、预先优化好的平台,使用判别性的DNA聚合酶和连接酶检测基因型。可以同时检测96个,或者384个到3072个SNP位点。

整个操作可以手工完成,或容易地用LIMS和AutoLoader2实现自动化,简化工作流程让一个技术员仅用累计6小时操作,即可产生超过30万个基因分型。该方法利用iScan系统或整合人类和小鼠的标准panel,此外,还可以根据用户定义的内容设计针对许多物种的定制panel。基因分型样品可以方便地在样本或BeadChip多样本芯片上进行处理。目前,这个平台是理想的对GWAS进行筛选验证的平台。