分析基因分型 应先测定DNA纯度和浓度

发布日期:2017-10-26

常用的基因分型方法,包括基于引物设计的低通量聚合酶链式反应(PCR),或基于商用最新基因分型平台的高通量方法,DNA质量是高效PCR分析法成功的关键。PCR分析法的推荐样本是基因组DNA,多数使用试剂盒从血液中提取。出国看病找爱诺美康,在基因分型分析之前,应该先用由分光光度计测量在260nm和280mn的吸光度,来测定DNA纯度和浓度,并且存储备用。介绍一些常用的基因分型方法,单链构象多态性(SSCP)方法,可以检测到两条长度相同、仅存在一个SNP或突变的单链核苷酸构象差异,该方法可以通过凝胶电泳分离。

由于特定的SNP或突变造成不同构象的DNA分子,这种方法常用于早期的突变研究,主要目的是鉴定新的突变。后来,当SNPs成为研究的焦点,SSCP方法也常用于检测已知SNPs的关联研究,这些SNPs没有适合于PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)研究的限制性酶切位点。例如,CCND1有一个拼接多态性(rs9344)核苷酸870(870G>A),位于4号外显子密码子242中,不与任何现有的限制性内切酶位点序列匹配。


利用PCR产物中包含一个138bP片段,将这些片段和PCR反应混合物一起孵育,就能在PCR反应中被扩增。SSCP分析中,用突变信号增强型凝胶电泳分析PCR产物。电泳后的凝胶结果干燥、曝光成像至X射线胶片。放射自显影法可以发现PCR产物条带迁移谱。基于这些迁移谱,CCND1基因分型分为3组:GG、GA和AA。这种方法适用于已知的单核苷酸多态性低通量分型,其序列不含限制性酶切位点。

尽管它也可以用于检测目标DNA的未知变异或突变。由于一个DNA片段中的限制性酶切位点,可以被相应的限制性内切酶检测到,这种限制性内切酶可以用来识别多态位点。在单核苷酸多态性被发现并视为重要的癌症风险因素时,这是关联研究中最流行的基因分型方法。当人类基因组计划,发现了数百万从未被报道过的单核苷酸多态性时,更是如RFLP方法用于关联研究的一个例子。TNFAIP2基因多态性的序列变化,可以被限制酶APal识别。

因此,这些PCR产物可以被限制性内切酶Apal消化,从而识别基因型。出国看病通常有必要进行验证,特别是当一个人造的突变被引入而形成限制性酶切位点,C基因型可以同时由直接测序证实。该方法适用于低通量的已知单核苷酸多态性分析,前提是必须包含一个限制性酶切位点。然而,这种方法不能同SSCP那样,用于检测目标DNA片段中未知变异或突变。