出国看病 癌症基因组的结构变异

发布日期:2017-10-13

最新的二代测序,已提供了强有力的工具,可以有很高的效率和分辨率,在不同的癌症类型中检测染色体变异和特定的基因突变。二代测序可以检测DNA和RNA,亦即做全基因组和全转录组的研究,分析结构变异、突变基因表达量、染色体构象。出国看病找爱诺美康,癌症基因组的结构变异,可以使用双端测序技术,亦即一个读段的两端配对地被测出。

在这种情况下,双端读段的两端会被分别比对到正常基因组上,用算法来鉴定可能的结构变异。自从成人急性骨髓白血病的基因组序列,于2008年被首次报道以来,至少5个瘤种的基因组已被完整测序。这些结果显示了不同癌症的DNA变异之间有极大的不同,包括点突变、缺失、扩增、染色体重排等。


全基因组测序使得检测非编码,或未注释区段的体细胞突变成为可能,而这些检测传统方法根本无能为力。对于检测重排很重要的物理覆盖度,可以用改变DNA片段大小的方式来控制,而且增加双端读段之间的跨度,可以增加物理覆盖度,减少序列覆盖度,因此可以降低成本。与全基因组测序不同,靶向测序只测序那些感 兴趣的区段,因而可以降低成本、提高通量。

出国看病找爱诺美康,Ding等的研究,使用了靶向DNA测序,测定了188个病人肺腺癌623个基因,发现了超过1000个体细胞突变,其中26个是显著高频突变。在这些突变中有表皮生长因子受体(EGFR)同源基因、神经细胞突触受体、血管内皮生长因子受体,以及神经营养酪氨酸受体激酶基因。这些结果也证实了,几个在其他肿瘤里面检测到的、抑癌基因的体细胞突变。

在原位肺腺癌中同样存在,包括NH、APC、RB1和ATM。这些发现提示着几个重要的信号通路,在肺腺癌中非常重要,也提示着新的药物耙点。与此同时,癌症基因组图谱研究网络报道对DNA拷贝数、基因表达和DNA甲基化变异的整合研究,包括了91对肿瘤正常组织配对的206个神经胶质瘤。他们的研究使人们认识到了ERBB2、NF1和TP53的作用,发现了高频突变,对神经胶质瘤发展过程中,受到影响的通路给出了一个综合的面面观。

突变、DNA甲基化和临床治疗数据的整合,发现了MGMT启动子甲基化和错配修复缺陷,所导致的高突变表型之间的联系。出国看病领域的这些观察结果,对神经胶质瘤的诊断和治疗,提供了潜在的临床参考价值除了二代测序仪外,肺腺癌和神经胶质瘤的研究中,还使用了高密度SNP芯片、基因表达芯片和qPCR。这些综合方法,也有效地应用于其他的癌症基因组研究中。出国看病找爱诺美康,除了分析靶向癌症基因以外,Sobreira及其同事还报道了他们的工作,用二代测序来测定捕捉的基因组的断点,这种方法可以精确地检测转座断点,以及由此引起的基因组变异。